2021年“长江口二号”古船多波束声呐扫测合成图。长江口二号古船为木质帆船，确认年代为清代同治时期，所在水域水深8米至10米，船体埋藏于5.5米深淤泥中，横向左倾约 27°。古船残长约38.5米、残宽约7.8米，已探明有31个舱室。沉船上部的尖艏、揽桩、主桅杆、左右舷、上甲板等结构完整。

通过选取前后其中4个舱室进行了小范围的清理，均发现舱内有码放整齐的景德镇窑瓷器等精美文物，已经出水完整或可修复的文物种类多、数量大。另外，在船体及周围还出土了紫砂器、越南产水烟罐、木质水桶残件、桅杆、大型硬木船材、铁锚、棕缆绳、滑轮、金属钻头、钻杆以及黑色矿物等大量文物。

2021年7至9月，工作人员清理出了元代瓷器和高60厘米完整的豆青釉青花大瓶等大型整器。特别是古船中部分出水瓷器底书“同治年制”款，为古船的断代提供了重要的依据。长江口二号古船保存极其完整、船载文物数量大，可以支撑建成一座极具世界影响力的古船博物馆。

据悉，上海将采用“弧形梁非接触文物整体打捞技术”来打捞这艘木质古帆船。打捞“长江口二号”古船的水下考古行动可能在2022年完成。

长期以来，浑水环境是中国水下考古发展的瓶颈。上海市文物局组织多家机构自主研发了获得中国国家专利的“浑水水域水下成像装置”，开发了“机器人水下考古装备关键技术与应用”，以及运用无人艇、多波束、侧扫声呐、浅地层剖面仪和磁力仪等海洋物探扫测设备，对长江口水域开展水下联合调查。

开展长江口二号古船考古、保护与博物馆建设，这是世界首个古船考古发掘、整体迁移、文物保护与博物馆建设展示同步实施的项目。